《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于加強(qiáng)教育勞務(wù)營業(yè)稅征收管理有關(guān)問題的通知》（財稅〔2006〕3號）規(guī)定：各類學(xué)校（包括全部收入為免稅收入的學(xué)校）均應(yīng)按照《稅收征管法》的有關(guān)規(guī)定辦理稅務(wù)登記，按期進(jìn)行納稅申報并按規(guī)定使用發(fā)票；享受營業(yè)稅優(yōu)惠政策的，應(yīng)按規(guī)定向主管稅務(wù)機(jī)關(guān)申請辦理減免稅手續(xù)。各類學(xué)校均應(yīng)單獨(dú)核算免稅項目的營業(yè)額，未單獨(dú)核算的，一律照章繳納營業(yè)稅。由此可知，民辦學(xué)校有辦理稅務(wù)登記、按期進(jìn)行納稅申報、按規(guī)定使用發(fā)票、按規(guī)定申請辦理減免稅手續(xù)及按規(guī)定設(shè)置賬簿和記賬憑證、依法接受稅務(wù)檢查等義務(wù)。
下面就民辦學(xué)校常見涉稅問題筆者進(jìn)行了總結(jié)。
一、未按規(guī)定辦理稅務(wù)登記及扣繳稅款登記學(xué)校的教育勞務(wù)實際上也是營業(yè)稅應(yīng)稅勞務(wù)，只不過依法享受免稅的優(yōu)惠政策。再加上學(xué)校也可能存在其他非免稅的勞務(wù)，因此，學(xué)校是理所當(dāng)然的營業(yè)稅納稅人，故應(yīng)按規(guī)定辦理稅務(wù)登記。
此外，學(xué)校在向教職工支付工資、薪金時應(yīng)按規(guī)定代扣代繳個人所得稅，是法定的扣繳義務(wù)人，因此，也應(yīng)辦理扣繳稅款登記。
二、未按規(guī)定申報繳納營業(yè)稅、城建稅、教育費(fèi)附加
（1）免稅教育勞務(wù)收入未按規(guī)定繳納營業(yè)稅。常見的有：超過規(guī)定標(biāo)準(zhǔn)（物價局核定的標(biāo)準(zhǔn)）收取種費(fèi)用、以各種名義收取的贊助費(fèi)、擇校費(fèi)等超過規(guī)定范圍的收費(fèi)。
免征營業(yè)稅的教育勞務(wù)收入是指對列入規(guī)定招生計劃的在籍學(xué)生提供學(xué)歷教育勞務(wù)取得的收入，具體包括：經(jīng)有關(guān)部門審核批準(zhǔn)，按規(guī)定標(biāo)準(zhǔn)收取的學(xué)費(fèi)、住宿費(fèi)、課本費(fèi)、作業(yè)本費(fèi)、伙食費(fèi)、考試報名費(fèi)收入。
?。?）存在其他營業(yè)稅應(yīng)稅行為，未按規(guī)定納稅。少數(shù)學(xué)校存在出租辦公用房或營業(yè)用房等行為，未按規(guī)定繳納營業(yè)稅、城建稅、教育費(fèi)附加等相關(guān)稅費(fèi)。
?。?）兼營免稅、減稅項目的，未單獨(dú)核算免稅、減稅項目的營業(yè)額，也未一并繳納營業(yè)稅。比如民辦學(xué)校同時從事非學(xué)歷教育，其取得的收入與從事學(xué)歷教育的收入未分開獨(dú)立核算，就應(yīng)該一并繳納營業(yè)稅等相關(guān)稅費(fèi)。
三、未按規(guī)定申報繳納房產(chǎn)稅、城鎮(zhèn)土地使用稅
《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于教育稅收政策的通知》（財稅〔2004〕39號）對國家撥付事業(yè)經(jīng)費(fèi)和企業(yè)辦的各類學(xué)校、托兒所、幼兒園自用的房產(chǎn)、土地，免征房產(chǎn)稅、城鎮(zhèn)土地使用稅。
民辦學(xué)校，關(guān)鍵看它是否是企業(yè)辦的，如果不是，就不能免繳房產(chǎn)稅、城鎮(zhèn)土地使用稅。
四、未按規(guī)定申報繳納印花稅
《財政部、國家稅務(wù)總局關(guān)于教育稅收政策的通知》（財稅〔2004〕39號）規(guī)定：對財產(chǎn)所有人將財產(chǎn)贈給學(xué)校所立的書據(jù)，免征印花稅。
而對學(xué)校本身而言，沒有相關(guān)的印花稅優(yōu)惠政策，應(yīng)依照《印花稅暫行條例》的規(guī)定，依法申報繳納印花稅。
五、未按規(guī)定代扣代繳個人所得稅
?。?）未按規(guī)定代扣代繳工資薪金所得個人所得稅。具體有：教師代課費(fèi)、各種論文獎金、中秋節(jié)及教師節(jié)等節(jié)日福利、夏令用品、班主任津貼、假期值班補(bǔ)貼等未并入職工工資薪金所得計算個人所得稅。
?。?）未按規(guī)定代扣代繳利息所得個人所得稅。部分公辦學(xué)校為了新建教學(xué)樓或其他需要，向職工集資，并按期向職工支付利息，往往未按規(guī)定代扣代繳個人所得稅。
?。?）未按規(guī)定代扣代繳勞務(wù)報酬所得個人所得稅。部分學(xué)校偶爾聘請其他學(xué)校教師、社會知名人士等到學(xué)校講課，在支付給對方報酬時，對達(dá)到個人所得稅起征點的，很少代扣代繳個人所得稅。
六、未按規(guī)定申報繳納企業(yè)所得稅
《民辦教育促進(jìn)法》第九條規(guī)定：民辦學(xué)校應(yīng)當(dāng)具備法人條件。也就是說，民辦學(xué)校只可能是企業(yè)所得稅的納稅人，而不會是個人所得稅的納稅人。
《民辦教育促進(jìn)法實施條例》第三十八條規(guī)定：捐資舉辦的民辦學(xué)校和出資人不要求取得合理回報的民辦學(xué)校，依法享受與公辦學(xué)校同等的稅收及其他優(yōu)惠政策。出資人要求取得合理回報的民辦學(xué)校享受的稅收優(yōu)惠政策，由國務(wù)院財政部門、稅務(wù)主管部門會同國務(wù)院有關(guān)行政部門制定。
財稅〔2004〕39號規(guī)定，對學(xué)校經(jīng)批準(zhǔn)收取并納入財政預(yù)算管理的或財政預(yù)算外資金專戶管理的收費(fèi)不征收企業(yè)所得稅；對學(xué)校取得的財政撥款，從主管部門和上級單位取得的用于事業(yè)發(fā)展的專項補(bǔ)助收入，不征收企業(yè)所得稅。
《國家稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)〈事業(yè)單位、社會團(tuán)體、民辦非企業(yè)單位企業(yè)所得稅征收管理辦法〉的通知》（國稅發(fā)〔1999〕65號）規(guī)定：事業(yè)單位、社會團(tuán)體、民辦非企業(yè)單位的收入，除國務(wù)院或財政部、國家稅務(wù)總局規(guī)定免征企業(yè)所得稅的項目外，均應(yīng)計入應(yīng)納稅收入總額，依法計征企業(yè)所得稅（具體規(guī)定了九項免稅收入項目）。
