醫(yī)院內(nèi)部會計控制制度，涉及醫(yī)院經(jīng)營活動的各個領(lǐng)域，主要包括預(yù)算控制、收入控制、支出控制、貨幣資金控制、藥品及庫存物資控制、固定資產(chǎn)控制、工程項目控制、對外投資控制、債權(quán)債務(wù)控制、財務(wù)電子信息化控制和監(jiān)督檢查。
建立健全醫(yī)院內(nèi)部會計控制制度，要以貫徹執(zhí)行國家財經(jīng)法律法規(guī)和規(guī)章制度為前提，堅持合法性、全面性、重要性、有效性、制衡性、適應(yīng)性、成本效益原則，通過建立健全會計內(nèi)部控制，使醫(yī)院各部門、各崗位相互監(jiān)督、制約和聯(lián)系，從而達到維護國有資產(chǎn)安全與完整，堵塞漏洞，加強醫(yī)療機構(gòu)財務(wù)管理，促進各醫(yī)療機構(gòu)財務(wù)會計內(nèi)部控制制度的建設(shè)，提高醫(yī)療機構(gòu)財務(wù)管理水平和會計信息質(zhì)量，為提高醫(yī)院自身競爭力和醫(yī)院發(fā)展戰(zhàn)略目標的實現(xiàn)，提供合理保證。
建立健全醫(yī)院內(nèi)部控制制度，應(yīng)著重落實好以下幾個方面的問題：
統(tǒng)一認識，塑造良好的控制環(huán)境
內(nèi)部控制不同于傳統(tǒng)的一般牽制或經(jīng)濟責任績效核算，而是一個涉及經(jīng)濟活動全方位的控制，是一整套相互監(jiān)督、制約、聯(lián)系的控制方法。由醫(yī)院各個層次的人員，上到院長下到各部門、科室職工共同實施。只有全院上下統(tǒng)一認識，才能保證內(nèi)部控制的建立健全和有效實施。
落實建立健全內(nèi)部控制與監(jiān)督執(zhí)行的崗位責任
醫(yī)院負責人對本單位財務(wù)會計內(nèi)部控制制度的建立健全和有效實施負總責。醫(yī)院的財務(wù)部門具體組織本單位財務(wù)會計內(nèi)部控制制度的落實。由內(nèi)部審計機構(gòu)或者指定專職人員具體負責財務(wù)會計內(nèi)部控制制度的有效執(zhí)行，并使內(nèi)部控制在實際執(zhí)行中得到不斷發(fā)展、改進和完善。
嚴格執(zhí)行不相容職務(wù)（崗位）相互分離，關(guān)鍵崗位定期輪換制度
明確崗位的職責、權(quán)限、確保不相容職務(wù)相互分離，不得由同一部門或人員經(jīng)辦經(jīng)濟業(yè)務(wù)活動的全過程。有些醫(yī)院因人員條件限制對崗位分離沒有引起足夠的重視，常見有的單位銀行出納人員兼做銀行對賬單的余額調(diào)節(jié)表，不相容崗位沒有分設(shè)不同人員擔任。如果長期以未達賬項調(diào)節(jié)對賬單，又沒有很好地執(zhí)行關(guān)鍵崗位定期輪換制，易發(fā)生貪污現(xiàn)象，給醫(yī)院造成損失。因此，醫(yī)院必須有2個或以上人員分工負責，起到相互制約的作用。
建立授權(quán)批準控制體系
建立起對辦理常規(guī)業(yè)務(wù)的常規(guī)性授權(quán)和對辦理例外業(yè)務(wù)的臨時性授權(quán)體系。明確授權(quán)批準的范圍、層次、程序和責任。形成責任明確，有權(quán)亦有責的管理控制體系。避免一旦出現(xiàn)問題，又難究其責的情況發(fā)生。每項經(jīng)濟業(yè)務(wù)均納入授權(quán)批準范圍，如物資采購、款項的支付、預(yù)算編制執(zhí)行與調(diào)整等等。
建立規(guī)范的重大經(jīng)濟事項決策機制和程序，進行風險評估，實行集體決策
隨著市場經(jīng)濟的發(fā)展，競爭日益激烈，不少三級以上醫(yī)院為了實現(xiàn)戰(zhàn)略目標，進行擴大規(guī)模，紛紛兼并周邊二級及以下醫(yī)院，還有對外投資性質(zhì)的合作辦院，以及工程項目、籌資、對外擔保業(yè)務(wù)等重大事項。此時必須慎之又慎，加強對項目立項、評估、決策、實施、處置、報告制度等環(huán)節(jié)的控制，實行集體審議聯(lián)簽，控制風險。
建立退費管理制度，嚴格退費更正管理
增收是提高醫(yī)院經(jīng)濟效益的主要環(huán)節(jié)，但退費環(huán)節(jié)亦不可小視。曾被媒體報道，中國醫(yī)學科學院腫瘤醫(yī)院住院處原主任石巧玲、中國醫(yī)學科學院北京協(xié)和醫(yī)院財務(wù)處下屬門診收費處原收費員馬鄲杰就是利用退費漏洞侵吞公款。抓退費管理，堵塞漏洞，是建立收入控制制度的重要一環(huán)。各項退費必須提供交費憑據(jù)及相關(guān)證明，核對原始憑證和原始記錄，嚴格審批權(quán)限，完備審批手續(xù)，做好相關(guān)憑證的保存和歸檔工作。第一，對門診、住院的藥品、檢查治療退費，必須提供原始發(fā)票、藥品處方或檢查治療單，經(jīng)藥房主任或檢查治療科室主任及收費、住院處負責人審批簽注退款理由，經(jīng)財務(wù)科專職人員審查簽字后，分別交門診收費處或住院處負責人辦理退款手續(xù)，并存檔。第二，對住院預(yù)收醫(yī)療款，除正常出院結(jié)算退費外，一般不予退款。確需退款，由病人或授權(quán)人提供有效身份證明并在原預(yù)收醫(yī)療款收據(jù)簽字，經(jīng)財務(wù)負責人或授權(quán)人審批后方能退款。
