我國土地增值稅實行預征和清算相結合的征管制度，納稅人在項目預售階段預繳稅款，待該項目全部竣工、辦理結算后再進行清算，多退少補，在清算環(huán)節(jié)中應納稅額采取核準制，納稅人按照主管稅務機關審核確認的補退稅金額進行清算。因此，了解稅務機關的審核重點，是做好土地增值稅清算工作的一項重要事宜。
土地增值稅清算審核中，建筑面積的審核是一項基礎性工作，也是整個清算工作的關鍵環(huán)節(jié)。在稅務機關土地增值稅清算審核中，建筑面積的審核分為以下四個步驟：
?。ㄒ唬徍隧椖苛㈨椗鷱?，確定土地增值稅清算對象。
《國家稅務總局關于房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)土地增值稅清算管理有關問題的通知》（國稅發(fā)〔2006〕187號）第一條規(guī)定，土地增值稅以國家有關部門審批的房地產(chǎn)開發(fā)項目為單位進行清算，對于分期開發(fā)的項目，以分期項目為單位清算。
由于土地增值稅是地方稅，各省、自治區(qū)與直轄市根據(jù)自身房地產(chǎn)開發(fā)行業(yè)的特點，發(fā)布了適用于本地開發(fā)項目的清算政策。例如，《北京市地方稅務局關于土地增值稅清算管理若干問題的通知》（京地稅地〔2007〕325號）第四條規(guī)定，對于一個房地產(chǎn)開發(fā)項目，在開發(fā)過程中分期建設、分期取得施工許可證和銷售許可證的，主管地方稅務機關可以根據(jù)實際情況要求納稅人分期進行清算。
北京市土地增值稅征管實務中，在商品房取得預售款項前，以發(fā)改委的項目審批到主管稅務機關備案，核定預征率按項目預繳土地增值稅。在項目銷售比例達到85%以上時，稅務機關向企業(yè)下達清算通知書，按照整體項目進行土地增值稅清算，不要求分期清算。企業(yè)根據(jù)項目的實際情況測算分期清算的應納稅額，若稅負低于整體項目的清算稅負，應向主管稅務機關提供分期開發(fā)的資料，申請分期清算土地增值稅。
?。ǘ徍恕拔遄C”，確保項目的清算范圍真實完整。
將土地出讓合同、土地使用證、建設用地規(guī)劃許可證的占地面積進行核對，若出現(xiàn)面積不一致的情況，需確定清算項目的實際占地面積。
將建設工程規(guī)劃許可證、開工證、竣工備案表、實測報告（辦理產(chǎn)權登記版）的總建筑面積進行核對，若出現(xiàn)異常差異（超過），重點審查各個證件對應的面積是否完整或者重復，確定清算項目的實際總建筑面積。
（三）審核測繪報告，確定項目的總建筑面積、可售面積及不可售面積。
按照國稅發(fā)〔2006〕187號文件第四條規(guī)定，房地產(chǎn)開發(fā)企業(yè)開發(fā)建造的與清算項目配套的居委會和派出所用房、會所、停車場（庫）、物業(yè)管理場所、變電站、熱力站、水廠、文體場館、學校、幼兒園、托兒所、醫(yī)院、郵電通訊等公共設施，建成后產(chǎn)權屬于全體業(yè)主所有或建成后無償移交給政府、公用事業(yè)單位用于非營利性社會公共事業(yè)的面積，作為不可售面積。北京市規(guī)定的清算政策中對“建成后產(chǎn)權屬于全體業(yè)主所有的”確認原則，“建成后無償移交給政府、公用事業(yè)單位用于非營利性社會公共事業(yè)的”證明材料進行了明確。
由于業(yè)主委員會為非法人機構，無法接收物業(yè)產(chǎn)權，北京市的土地增值稅清算實務中，會所、地下停車場（人防改造的地下停車場除外）作為可售面積，未售時需預留相關成本費用。由于地下車庫及儲物間銷售收入遠遠低于計稅成本，所以地下車庫及儲物間的處理方式是一個開發(fā)項目土地增值稅稅負高低的決定性因素，將車庫及地下儲物間出售后再進行土地增值稅清算，會適當降低項目土地增值稅稅負。
清算實務中，對于其他公共配套設施，需提供移交相關部門的證明，否則作為可售面積處理。因此，公共配套設施及人防的移交手續(xù)為土地增值稅清算的制約性條件，直接決定稅負的高低。
?。ㄋ模o法分別核算增值額的項目，按可售建筑面積平均分配計稅成本。
根據(jù)清算法規(guī)中普通標準住宅（以下簡稱普宅）的判斷標準，將可售面積劃分為普標可售面積及其他商品房可售面積。
《財政部、國家稅務總局關于土地增值稅一些具體問題規(guī)定的通知》（財稅字〔1995〕第48號）第十三規(guī)定，對納稅人既建普宅又搞其他房地產(chǎn)開發(fā)的，應分別核算增值額。不分別核算增值額或不能準確核算增值額的，其建造的普宅不能適用增值率低于20%的免稅規(guī)定。
北京市的清算條款規(guī)定與財政部、國家稅務總局發(fā)布的文件一致，但在清算實務中執(zhí)行口徑有所變化。在2011年之前進行清算的項目，普宅及其他商品房不能分別核算增值額時，允許按照項目整體增值金額計算繳納土地增值稅。當企業(yè)普宅增值額為負數(shù)時，放棄享受普宅免稅政策會降低土地增值稅稅負，清算企業(yè)會以各種借口說明無法準確核算普宅及其他商品房的增值額以達到降低稅負的目的。因此，自2012年之后，對于無法分別準確核算增值額的項目，稅務機關要求按照可售建筑面積平均分配普宅及其他商品房計稅成本，分配計算普宅及其他商品房增值額繳納土地增值稅。
