一、績效審計的難點
績效審計（目前，也有人稱經(jīng)濟效益審計），在我國現(xiàn)階段仍是一個新生事物。無論是理論研究還是實踐經(jīng)驗，都較缺乏，因此，在我國現(xiàn)階段進行績效審計工作，確實很難。
1、績效審計期望上的難點
績效審計的對象雖然是企業(yè)或組織，但是績效審計報告和文件的利用者、使用者，卻具有多元化的特點。無論是企業(yè)、事業(yè)單位，還是企業(yè)員工或“納稅人”以及立法機關(guān)對同一個績效審計報告關(guān)心的程度和側(cè)重點的不同，因此，要求績效審計報告能夠得到盡可能多人的認可，確實具有很大的難度。
為了解決這個難點，績效審計項目的選擇就顯得非常重要。在選擇前，績效審計機構(gòu)應(yīng)該進行通盤考慮。應(yīng)該選擇那些人民群眾關(guān)心的、對社會發(fā)展和經(jīng)濟建設(shè)具有重大意義的項目；同時，這些項目也應(yīng)該是政府和立法機關(guān)非常關(guān)注的；這些項目涉及的資金足夠多；管理這些項目具有較大的風險，而其預(yù)期的效益、效率或效果卻很有價值；這些項目從審計的角度來說，還應(yīng)該具有可審性。
2、績效審計在評估上的難點
績效評估正確與否，將直接影響績效審計的正確性。對于被審計對象來說，出于自身利益的考慮，必然會千方百計提出種種證據(jù)或理由，來論證所進行活動的科學(xué)性、合法性和正確性。由于績效審計人員的知識結(jié)構(gòu)與被審計對象相關(guān)人員知識結(jié)構(gòu)的不同，因此，在實際的審計工作中，就有可能出現(xiàn)“作為內(nèi)行的被審計人員哄騙作為外行的審計人員”的情況。
績效評估是績效審計的客觀準繩?？冃гu估是對被審計對象現(xiàn)實活動所作出的一種實事求是的評論與估價。只有這種評論與估價是準確的，被績效審計的對象才會口服心服。在績效審計的的實踐中，績效評估常常是最有爭議的領(lǐng)域。如何使績效評估客觀公正，確實是績效審計中的一大難點。
作為績效評估，必須要運用相應(yīng)的指標體系，對照統(tǒng)一的標準，按照一定的審計程序，通過定性和定量的對比分析，對實際情況和預(yù)期目標進行客觀、公正、正確、準確的綜合評價。
3、績效審計在標準上的難點
從績效審計的實踐來看，績效審計標準一般可以分為兩大類。一類是規(guī)范化的績效審計標準，另一類是非規(guī)范化的績效審計標準。
應(yīng)該說，規(guī)范化的績效審計標準并不應(yīng)該成為審計的難點。因為它涉及的都是政策、法律、法規(guī)、制度、相關(guān)的程序等具有強制性特點的標準。它們也是被審計對象制定活動規(guī)劃的基礎(chǔ)。因此，在績效審計工作中不容易引起雙方的誤解。當然，由于我國社會公共產(chǎn)品的管理水平還相當落后，甚至一些規(guī)范化的績效審計標準也不能得到被審計對象的認同。解決這個問題，應(yīng)該是提高管理水平。
非規(guī)范化的績效審計標準，常常是審計雙方爭論的焦點。非規(guī)范化的績效審計標準涉及的是被審計對象績效的計量標準、良好活動的運行模式、活動外部環(huán)境的變化等。這些標準具有動態(tài)和個性化的特點。標準本身不統(tǒng)一，有些標準只有被審計對象自己才能制定，沒有任何其他活動的標準作參考。
因此，它們對被審計對象的約束力就比較小?？冃徲媹蟾嫒绻源颂岢鰡栴}，其說服力顯然就很小。
4、績效審計在成果落實上的難點
績效審計的成果表現(xiàn)在績效審計報告中?？墒菑奈覈冃徲嫷膶嵺`來看，最終的建議往往涉及到社會、國家、政府的制度安排或者體制、機制方面的問題。這些都不是單個的企業(yè)或組織能夠解決的問題。然而，在績效審計成果中，如果對如此重大的問題不報告，企業(yè)或組織的績效又怎么能夠提高呢？
二、開展績效審計存在的問題
1、績效審計與財政或財務(wù)審計的業(yè)務(wù)銜接
績效審計的基礎(chǔ)是財務(wù)或財政審計。因此，績效審計絕對離不開財務(wù)或財政審計。
現(xiàn)在的問題是：已經(jīng)進行過財務(wù)或財政審計的企業(yè)或組織，進行績效審計時，是否還要再進行一次財務(wù)或財政審計？如果需要，那么是否意味著本來就已經(jīng)非常緊張的社會審計資源的浪費？如果不需要，那么績效審計工作依據(jù)過去的財務(wù)或財政審計數(shù)據(jù)，是否具有可靠性、時效性？
解決這一問題的關(guān)鍵應(yīng)該是審計業(yè)務(wù)的有效銜接。需要審計機構(gòu)合理地安排財務(wù)審計與績效審計的工作量，注意在項目審計的過程中，對這兩類審計工作進行協(xié)調(diào)。這里涉及的，不但有不同審計機構(gòu)的審計銜接問題，也有同一審計機構(gòu)不同審計人員的銜接問題，還有審計資料時間上的銜接問題。
在我國目前審計資源非常匱乏的情況下，對于項目的真實性、合理性和合法性風險都比較高的企業(yè)或組織，應(yīng)該主要安排財務(wù)或財政審計；對于那些影響比較大、管理風險高的企業(yè)或組織，應(yīng)該積極安排績效審計。只有對那些特別重要、投資特別巨大的項目，才同時安排這兩種不同類型的審計。
2、績效審計的人員素質(zhì)如何提高
績效審計對廣大審計人員來說，是一項全新的工作。不但對審計人員的素質(zhì)提出了很高的要求，而且對審計人員的知識更新提出了新的要求。因此，提高審計人員素質(zhì)是影響到績效審計成敗的關(guān)鍵。
實際上，由于我國的法律環(huán)境并不十分理想，腐敗問題還是普遍的社會問題，因此，財務(wù)審計的工作量就已經(jīng)非常大了?，F(xiàn)在又要提倡績效審計工作，這就使我國本來非常匱乏的審計資源更顯得捉襟見肘了。為此，國家審計署應(yīng)該加強績效審計隊伍的建設(shè)。各級審計機構(gòu)也應(yīng)該未雨綢繆，從現(xiàn)在起就應(yīng)該安排人員進行這方面的知識儲備和必要的學(xué)習(xí)進修。審計學(xué)院和相關(guān)院校的審計專業(yè)，也應(yīng)該積極籌備開設(shè)績效審計的課程和專業(yè)。
3、績效審計的制度建設(shè)
政府部門是績效審計最重要的對象?？墒怯捎诒娝苤脑?，審計機構(gòu)要想對政府部門進行績效審計是非常困難的。相對來說，我國政府的職責并不非常明確。我國政府，特別是各級地方政府，相當一部分力量用于組織地方的經(jīng)濟建設(shè)，而不是行政管理工作和經(jīng)濟工作的宏觀調(diào)節(jié)。
我國許多政府的負責人尚不能擺正自己與審計機構(gòu)之間的關(guān)系。錯誤地認為審計機構(gòu)是在本級政府的領(lǐng)導(dǎo)下開展審計工作的，因此，審計工作的目標與重點，應(yīng)該符合政府工作的總體目標，而不是給政府“找茬子”。
我國政府的預(yù)算管理制度至今仍很不健全，很不完善，基本上沒有資金運用的績效概念。當前我國正在積極探索建立政府績效預(yù)算管理制度的問題，對政府的預(yù)算支出提出相對明確的績效要求和考核標準。這就可以為審計機構(gòu)開展績效審計創(chuàng)造良好的條件。反之，績效審計的有效開展，既可以為政府績效預(yù)算管理制度的進一步完善，提供審計方面的保證，又可以為政府再次組織同類型的活動，積累績效預(yù)算和管理方面的經(jīng)驗，為政府的下期活動提供決策服務(wù)。
